«Он ведет себя необычно». Исследователь вирусных геномов Соня Пекова рассказала об особенностях коронавируса SARS CoV-2   / COVID-19 :: коронавирус :: вирусологи :: исследования :: вирусы :: длиннопост

«Он ведет себя необычно». Исследователь вирусных геномов Соня Пекова рассказала об особенностях коронавируса SARS CoV-2  

Доктор Пекова (Dr. Sona Pekova, PhD) является руководителем исследовательской группы в Tilia Laboratories, которая разработала более эффективный, быстрый и менее дорогой тест для обнаружения SARS CoV-2 (COVID-19). Лаборатория бесплатно предложила методологию тестирования для лабораторий по всему миру

Вопрос: Доктор Пекова, как вы помогаете людям во всем мире во время пандемии коронавируса?

Д-р Пекова: Когда SARS CoV-2 (COVID-19) появился в Ухане, то мы, основываясь на динамике заболевания, поняли, что он, вероятно, станет широко распространенным. Исследования вирусов животного происхождения являются частью нашей специализации, и потому мы подготовили диагностический тест для обнаружения вирусов.

Когда мы идентифицировали первых двух пациентов с положительной реакцией, мы решили изменить тест, так как он был слишком сложным, дорогостоящим и предъявляющим высокие требования к диагностическому оборудованию.
Как только у нас появились два положительных пациента, мы смогли секвенировать вирус и обнаружили, что его можно обнаружить с помощью той же технологии, какая была предложена CDC США. Наш тест способен обнаружить вирус с помощью одного уникального фрагмента последовательности, которого больше нет ни в одном короновирусе. Это позволило нам для обнаружения положительного образца использовать только одну реакцию вместо трех реакций.

Когда нам нужно провести крупномасштабное тестирование, оно должно быть быстрым, простым, надежным и не должно чрезмерно обременять лабораторию.
Мы опубликовали информацию о методологии теста и можем бесплатно предоставить ее любой лаборатории, сделающей запрос. К нам обратились много лабораторий со всего мира с просьбами предоставить методологию, потому что предыдущий тест был слишком сложным.

Я – врач, кроме того, я получила докторскую степень в области молекулярной микробиологии и генетической вирусологии, а также имею последипломное образование по медицинским методам в области генетики и микробиологии, на этом я сосредоточилась в своих исследованиях.

Были предприняты очень активные усилия при поддержке самых известных университетов и исследовательских центров в Чешской Республике, способных проводить тестирование. Наиболее важной частью является создание системы тестирования и обработки образцов. Лаборатории используют неинфекционную форму вируса для диагностического теста.

Патология коронавируса приводит к разрушению слизистой оболочки дыхательных путей, а также создает преувеличенную иммунную реакцию, которая может привести к фиброзу легких, который не может быть обращен вспять.

SARS CoV-2 (COVID-19) не может существовать бесконечно, он обычно жизнеспособен от 30 минут до нескольких часов, ему не нравится сухая среда, но ему нравятся теплые и влажные среды, такие как ткани, а также потные или влажные руки.
Маски для лица не защищают нас от таких наночастиц, как вирусы, однако они предотвращают заражение каплями влаги, например, когда кто-то говорит или чихает.

Инфекция – это вопрос вирусной «дозы». Один вирус вряд ли может вызвать инфекцию, но когда кто-то во время чихания выбрасывает несколько миллионов частиц, то велика вероятность, что это приведет к инфекции.

Дверные ручки, общественный транспорт и торговые тележки могут быть источником инфекции. Лучше покупать упакованные товары и обращать внимание на гигиену и правильно мыть руки. 

Вопрос: Ультрафиолетовый свет уничтожает вирус?

Д-р Пекова: SARS CoV-2 (COVID-19) – это хрупкий РНК-вирус, и ультрафиолетовое излучение для него [для его уничтожения] – это хорошая идея.

Вопрос: Лаборатория в Ухани проводила исследования такого смертельного вируса, как SARS, близкого к SARS CoV-2 (COVID-19). Вы сказали, что у SARS CoV-2 есть определенные генетические последовательности, не являющиеся естественными. Вы твердо стоите на своей позиции?

Д-р Пекова: Да, я твердо стою на своей позиции.

РНК-вирусы мутируют, и их геном нестабилен. У них высокий уровень мутаций, и они не очень точны в репликации. Вирусная РНК обычно мутирует в областях, ответственных за выработку белка, используемых в качестве строительных блоков для «тела» вируса. Эта часть выполняет определенные функции вируса, такие как проникновение в клетку и взаимодействие с зараженной клеткой.

Однако, кроме того, есть еще регуляторная область генома вируса, какую можно рассматривать как командный центр, управляющий репликацией вируса. Эта часть генома SARS CoV-2 (COVID-19) выглядит необычно перемешанной, как если бы она была серьезно изменена.

Мне трудно поверить, что такие интенсивные реструктуризация, вставка и удаление кода вирусной РНК произошли в природе, и после этого вирус смог бы выжить.
Регуляторная часть вирусного генома обычно имеет низкую частоту мутаций. SARS CoV-2 (COVID-19) имеет нетипичную степень мутации, какая обычно осуществляется путем генетической модификации.

Когда я проводила исследования, клонирование вирусных мутаций было моей ежедневной работой, и мы привыкли клонировать различные генные вариации на культуральных средах. Например, мы видели, как безвредный ген превратился в ген, индуцирующий лимфому. Мутация может превратить что-то доброе в нечто очень вредное. У нас есть инструменты генной инженерии, способные на такие модификации.

Генетическая модификация может использоваться, например, для создания так называемых «дизайнерских младенцев», что было сделано китайским ученым, создавшим два генетически модифицированных эмбриона. Позже он был оштрафован и попал в тюрьму.

Я могу представить, что есть и другие ученые, сделавшие то же самое, просто они никогда не признаются в этом. Все зависит от этики ученого, но я не уверена, является ли этика достаточной гарантией.

Вопрос: Вы думаете, что в секретных лабораториях по всему миру есть еще более опасные вирусы?

Д-р Пекова: Честно говоря, я даже не хочу думать об этом.

Интервью Остапу Кармоди, «Свобода»: 

ОК: Пару недель назад назад вы сказали: не исключено, что у этого вируса может быть искусственное происхождение. Индийские учёные в самом начале эпидемии говорили то же самое. Но несколько дней назад вышла статья американских учёных, где утверждается, что искусственное происхождение этого вируса полностью исключено. Вы читали эту статью? Она вас переубедила?

СП: Эта статья вышла в очень авторитетном журнале Nature Medicine. Она, несомненно, очень хорошо и тщательно написана. Однако она целиком посвящена структурным генам этого вируса и ни словом не упоминает его регулирующую область. Индийские учёные, кстати, нашли структуры, похожие на структуры ВИЧ, как раз в структурной части вируса – насколько это соответствует действительности, я вам сказать не возьмусь. Но, как бы то ни было, статья в Nature Medicine вообще не рассматривает регулирующую область данного коронавируса, а мне кажется, что изменение в генокоде этого вируса находится как раз в этой регулирующей области.

ОК: То есть вы всё-таки считаете, что этот вирус может иметь искусственное происхождение?

СП: Я считаю, что этого нельзя исключать. Он ведёт себя очень необычно. В мире есть конечное количество вирусов, заражающих людей. Мы обычно можем по симптомам болезни приблизительно угадать, какой вирус её вызывает. Конечно, не на 100%, но мы можем сказать: если симптомы выглядят вот так, то это, скорее всего, какой-то из вирусов гриппа, когда понос – другой тип вируса, когда сыпь – мы ищем герпесвирусы. Поэтому, когда мы знаем, что болезнь вызывается коронавирусом, у неё будет определённое течение. Но у этого коронавируса совсем другая картина, это как будто новый тип болезни.

Когда клиническая картина вируса настолько отличается от других вирусов того же типа, это как минимум странно. Что касается его генокода – я многие годы посвятила молекулярной биологии и генетике, занималась клонированием и использовала разные части вирусов для генной инженерии – это очень распространённая практика. 

Когда я увидела эту последовательность (в регулирующей области), мне сразу показалось, что она не очень похожа на природную. Если бы мы говорили только о структурных генах, я бы не думала, что с этим вирусом что-то не так.

Но нужно смотреть на весь геном, не исключая из рассмотрения другие его части, и, возможно, там мы найдём ответ. Но это просто моё мнение, нужно, чтобы как можно больше людей проанализировало этот вирус. Тот тест, протокол которого мы предлагаем, нацелен именно на эту регулирующую область. 

ОК: Этот вирус не ведет себя ни как обычные коронавирусы, ни как SARS?

СП: Он, конечно, больше похож на SARS, чем на обычные коронавирусы, потому что обычные коронавирусы вызовут у вас насморк или боль в горле, с которым вы походите несколько дней и выздоровеете. На этот вирус, SARS-CoV-2, это совсем не похоже. SARS побыл с нами годик и исчез. Этот вирус, благодаря его большой мутагенности, боюсь, останется с нами надолго. 

ОК: [если вирус так активно мутирует] Получается, что и "стадного иммунитета" тоже небудет? Можно заболеть, выздороветь и заболеть снова?

СП: Да, так и есть. Вирус мутирует и меняет свой"плащ". Если я заражаюсь вирусом в, так сказать, синем плаще ивыздоровею, потому что у меня разовьётся к нему иммунитет, а потом этот вируспридёт ко мне в красном плаще, мой организм примет его за другой вирус и будетдолжен вырабатывать иммунитет и к нему. Судя по всему, это одно из самыхнеприятных свойств этого вируса.

ОК: Что вы думаете о теории, что этот вирус со временем в результате мутаций станет менее опасным и в конце концов, возможно, даже превратится в такой же безвредный вирус, как те коронавирусы, которые вызывают у нас обычную простуду и насморк?

СП: Было бы прекрасно, но, поскольку он имеет высокий мутационный потенциал, некоторые мутации могут быть менее опасными, но другие, наоборот, более биологически активными. Возможно развитие в любую сторону. Мне бы, конечно, больше всего хотелось, чтобы он умер и пропал.

Послужной список С.Пековой:

Sona Pekova, MD, PhD.

Head of the laboratory, expert supervisor
Professional biography:

Французский вирусолог Люк Монтанье, получивший в 2008 году Нобелевскую премию за открытие ВИЧ, считает, что новый коронавирус COVID-19 не природного происхождения и был разработан в лаборатории

Вирусолог рассказал, что вместе со своим коллегой математиком Жан-Клодом Перезом проанализировал последовательность генома нового типа коронавируса

Монтанье отметил, что в подобных выводах они были не первыми. По его словам, индийские исследователи пытались опубликовать работу, в которой заявляли, что в этот геном вставили часть вируса иммунодефицита человека (вероятно, чтобы сделать вакцину против ВИЧ)