Помогите с HTTPS на Apache

Граждане не традиционной ориентации, прошу вашей помощи.

У знакомого моего знакомого случилась проблема с хостингом на котором крутятся дофига сайтов. Он использовал панельку управления сайтами испманагер, но из-за финансовых проблем не стал ее продлевать, соответственно отвалилось автопродление сертификатов для HTTPS. Остальное на первый взгляд вроде работает. 
Подключившись к серверу, я как неопытный пидор, получил сертификаты не традиционным способом, вот так:
sudo certbot certonly --manual --preferred-challenges dns --debug-challenges -d сайт.com -d www.сайт.com
sudo certbot --apache -d сайт.com -d www.сайт.com
в днс внес ключи acme.

Все работало пару дней, пока не стал замечать что для нескольких сайтов браузер начал выдавать такую ошибку:
Ваше подключение не защищено
Злоумышленники могут пытаться похитить ваши данные с сайта сайт.com (например, пароли, сообщения или номера банковских карт). Подробнее…
NET::ERR_CERT_COMMON_NAME_INVALID
Subject: сайт_номер9.com
Issuer: R3

По данному коду в инете много предположений. Нем могу понять что случилось.
Получил повторно сертификат но ошибка не пропадает. Такое впечатление что Апач как то закешировал ключ для сайт_номер9.com и выдает его каждый раз. Причем в файлах для виртуальных хостов (/etc/apache2/vhosts) правильно прописаны пути к сертификатам /etc/letsencrypt/live, в директории символьные ссылки на реальные файлы *.pem в /etc/letsencrypt/archive

Еще заметил что список сайтов для которых используется не правильный сертификат иногда меняется, т.е. сейчас ошибка для сайта сайт.com, через пару часов это будете для сайта сайт2.com. Есть только один сайт для которого такая ошибка постоянная, его имя в формате 1ххххх.com и совпадает с именем сервера.