Изначально, GDI была тайным, международным подразделением специального назначения, работающим под кодовым названием «Группа по специальным операциям Эхо: Чёрные операции 9». Концепция подобной организации была впервые предложена в Совете Безопасности ООН странами Альянса во время Второй Великой Войны XX века. После войны, неизвестные члены Совета признали эту организацию необходимой и согласились на её создание, дав ей полномочия действовать по всему земному шару. Быстрое распространение токсичного неземного вещества под названием тиберий и растущее влияние Братства НОД , заставили Совет Безопасности начать расширение полномочий и предназначения подразделения. Структура организации была полностью изменена и выведена на свет чтобы позволить более эффективное противодействие современным угрозам, не беспокоясь о том чтобы не оставлять следов своей деятельности.