В интервале 8—9 тыс. лет назад образовался полуостров, включавший остров Недоразумения, а перешеек, соединявший остров с противолежащим мысом, был затоплен, вероятно, около 7 тыс. лет назад. Остров гористый, с каменистыми склонами сопок. Если смотреть с моря, то по рельефу и окраске он напоминает материковый берег и сливается с ним. Поэтому он не был замечен гидрографической экспедицией, которая его не нанесла на карту в конце 1910-х годов. Ошибка была вскоре замечена и исправлена. Из-за этого случая остров и получил своё название.

Остров Недоразумения покрыт зарослями каменной берёзы, она растет на всех склонах и даже на вершинном плато, что нехарактерно для других островов. На вершинном плато развиты также тундровые сообщества. Всего произрастает 213 видов растений. Прибрежной фауне острова угрожает браконьерский промысел краба.

В 1961 году археологическим отрядом здесь была обнаружена неолитическая стоянка.

На острове Недоразумения до 1990-х гг. действовал островной цех рыбозавода «Тауйский». Впоследствии на его месте была открыта туристическая база.