В 2015 году Шон и Ребекка проникают в Лондон в один из офисов "Абстерго", где устанавливают жучки. В то же время они находят информацию о том, что Абстерго просматривает жизнь британских Ассассинов Джейкоба и Иви Фрай, в надежде на то что, они спрятали где-то в Лондоне Плащаницу Эдема. Во время проникновения в другой офис, они встречают Изабель Ардан, и попадают в засаду. Их встречает Отсо Берг и Вайолетт да Коста. Отвлеча тамплиеров взрывом, Шон и Ребекка сбегают. После этого происшествия они по приказу Епископа отсиживаются в укрытии. В то же время к ним приходит Галина Воронина. После того как Посвященный собрал информацию о Джейкобе и Иви Фрай, и узнали местонахождение Плащаницы, они отправляются в Букингемский дворец. Втроём они обнаруживают группу "Сигма", которая раньше их нашла Плащаницу. Не находя другого выхода, они вступают с ними в схватку. В результате которой Шон нейтрализует Изабель Ардан шокер-клинком, Галина почти нейтрализовала Берга, но на помощь пришёл дополнительный отряд. Ребекка пострадала от выстрела да Косты, прикрывая Шона. Вместе они уходят, так и не взяв с собой Плащаницу.
В центре сюжета прошлого находятся ассасины-близнецы Джейкоб и Иви Фрай, которые прибывают в Лондон, чтобы освободить город от власти тамплиеров. Для этого Джейкоб основывает собственную уличную банду под названием «Грачи» и начинает борьбу с «Висельниками», бандой, контролируемой тамплиерами. В то же время Иви и глава ячейки ассасинов в Лондоне Генри Грин пытаются найти «Плащаницу Эдема», ещё один артефакт Предтеч, которую также хочет заполучить великий магистр Ордена тамплиеров Кроуфорд Старрик. По ходу игры главные герои встретят множество исторических личностей таких как: Чарльз Диккенс, Александр Грейам Белл, Чарльз Дарвин, Карл Маркс, Флоренс Найтингейл, Артур Конан Дойл, Бенджамин Дизраэли, Королева Виктория.
