Действие происходит в элитном учебном заведении, название которого — академия «Пик надежды» . Туда принимаются талантливые ученики старшей школы, которые являются специалистами в какой-нибудь области. Наравне с талантливыми учениками присутствует один самый обыкновенный, ничем не выдающийся ученик, который попадает в эту академию путём победы в лотерее, проводимой академией раз в год. Таким учеником становится Макото Наэги , который довольно оптимистичен, но считает, что ничем не отличается от других. Макото присвоено звание «абсолютный счастливчик» из-за победы в лотерее. Наэги не может поверить в свою победу и в то, что он теперь будет обучаться с талантливыми специалистами в элитной академии. Однако когда Макото переступает ворота академии, он неожиданно теряет сознание и приходит в себя уже в здании академии. Попав в зал, он встречает четырнадцать учеников, обладающих талантом, которые находятся в той же ситуации, что и он сам. Вскоре учеников встречает самоназванный директор, Монокума, который выглядит как плюшевый медвежонок небольших размеров, управляемый с помощью дистанционного управления.
Монокума объявляет, что все ученики заключены в этой академии до конца своей жизни, и есть лишь один способ выбраться из неё живым — совершить идеальное преступление. Если личность убийцы не будет раскрыта на классном суде , где учащиеся после каждого убийства собираются для того, чтобы найти виновника, то убийца сможет «выпуститься» из академии живым, а все остальные будут жестоко казнены.
